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El primer Real Jardín Botánico de Madrid se creó en 1755 a orillas del río Manzanares y contaba con más de 2000 plantas, recogidas por el botánico y cirujano José Quer.
Poco después Carlos III da instrucciones para su traslado al Paseo del Prado, donde se inaugura en 1781, formando parte de la llamada Colina de las Ciencias.
Desde el principio se potenció la enseñanza de la Botánica, se auspiciaron expediciones a América y al Pacífico, se encargaron los dibujos de grandes colecciones de plantas y se acopiaron importantes herbarios que sirvieron de base para describir nuevas especies para la Ciencia.
En esos años se construyeron las tres terrazas escalonadas, se ordenaron las plantas según el método de Linneo y se construyeron la verja que rodea el Jardín, los emparrados y el invernáculo llamado Pabellón Villanueva. Gran parte de este diseño se ha mantenido hasta hoy así como algunas de los ejemplares plantados entonces.
Durante los últimos años del siglo XIX y gran parte del XX, el jardín pierde parte del suelo y del arbolado y sufre la falta de agua y de dinero. Todo esto llevó al jardín a largos periodos de decadencia debido, fundamentalmente, al cambio de mentalidad sobre la importancia de la ciencia en general y de la botánica en particular, y que provocó su cierre definitivo en 1974. El jardín fue abierto de nuevo, totalmente restaurado, en 1981 coincidiendo con su II Centenario.
Todo el jardín está muy encerrado en sí mismo y sus muchas zonas de sombra dan una atmósfera de calma y serenidad que nos hace olvidar que nos encontramos en el centro de Madrid.
De las tres terrazas que componen el jardín, la más baja es la llamada TERRAZA DE LOS CUADRADOS. En ella se presentan las colecciones de plantas ornamentales, medicinales, aromáticas, endémicas y de huerta.
La siguiente es la llamada TERRAZA DE LAS ESCUELAS BOTANICAS donde se sitúa la colección taxonómica de plantas, pudiéndose recorrer el reino vegetal desde las plantas más primitivas a las más evolucionadas.
LA TERRAZA DE PLANO DE LA FLOR es la más antigua del jardín y fue remodelada en el siglo XIX. En el centro de esta terraza se encuentra el Pabellón Villanueva, edificado en 1781 como invernadero y, en el extremo norte, otros dos invernaderos, uno de ellos llamado de Graells o de las Palmas, y el otro de reciente creación, llamado de Exibición.
